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PDFClerk
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PDFClerkはPDFファイルのページを入れ替えたり、削除したり、追加したり、また、注釈用途程度の機能しかないですが、テキストボックスを追加したりなど、かなり柔軟にPDFファイルを操作できるソフトウェアです。Mac用。UB対応済み。
"Print"で作成したPDF filesを一つに纏めたりするのに便利。また、DemoでのOmni Graffleでは使えるオブジェクト数がlimitedですが、１ページ毎に書き出していき、このソフトでマージすれば使い物になるんじゃないかと思います。